Edițiile 2016-2017 ale Cupei României U19 și Cupei României U17 vor debuta cu faza șaisprezecimilor de finală, programată a se desfășura pentru ambele competiţii în data de 23 noiembrie 2016. În conformitate cu regulamentul Campionatului Național de juniori U19/U17 în competiția Cupa României vor participa atât echipe din Campionatul Național de juniori cât și toate echipele din Liga Elitelor U19/U17, cu excepția echipelor Centrelor de Excelență.
Din Campionatul Naţional de Juniori vor intra în competiţie cele mai bune şapte echipe clasate pe locul 1, după prima parte a campionatului, din cele nouă serii ale competiţiei dedicate jucătorilor U19 și cele mai bune opt echipe clasate pe locul 1, după prima parte a campionatului, din cele zece serii ale competiţiei dedicate jucătorilor U17.
Conform dispoziților regulamentare, în faza 16-imilor de finală ale Cupei României, pentru ambele categorii de vârstă se va face împerecherea pe baza criteriului geografic, de către Departamentul Competiții al Federației Române de Fotbal. Pentru stabilirea echipei gazdă/oaspete se va efectua o tragere la sorți în data de 19 noiembrie 2016, ora 17:00, la sediul Federației Române de Fotbal. Cluburile care doresc să participe la această tragere la sorți, o pot face prin delegarea unui reprezentant.
Jocurile din șaisprezecimile, optimile și sferturile de finală se vor disputa în sistem eliminatoriu, într-o singură manșă. În caz de egalitate după 90 de minute de joc, se va trece direct la executarea loviturilor de departajare din punctul de pedeapsă. În cazul jocurilor desfășurate într-o singură manșă, pe terenul uneia dintre echipe, cheltuielile sunt suportate în mod egal de către cele două cluburi astfel: cheltuielile de organizare se efectuează de către clubul organizator, iar clubul oaspete va achita partea sa clubului organizator în termen de 15 zile de la data desfășurării jocului.
